乾隆二十四年（1759），清统一新疆。新疆统一后，清政府没有像对蒙古族那样，实行民族团结和融合政策，反而在南疆地区实行军政隔离制度。这一制度的贯彻和长期实施，不仅不利于促进内地与新疆之间的联系和交流，反而使当时的维吾尔人对清朝难以形成国家认同，并为外敌入疆埋下了隐患，从而对近当代的新疆政治和文化产生了重要而深远的影响。
清朝统一天山南北之前，维族即大多信奉伊斯兰教，他们的社会文化习俗与内地差异很大。统一南疆后，为了加强在该地区的统治，清朝在军事、行政、经济、社会文化等方面采取了一系列措施，同时又在该地区实行了严厉的军政隔离制度。主要体现在以下几个方面：
1、行政方面。保留了南疆旧有的伯克制度（伯克为维吾尔音译，清代新疆维吾尔族官名。官员均称伯克，其职以号为别），并对伯克制度进行了一些重要改革，使其成为清政府在当地的一种基层行政体制。在伯克制下，各地的办事大臣并不直接过问当地的民政事务，而是通过各级伯克实行间接统治，普通的维族人很难与驻当地的大臣发生联系，以致当地维族人只知伯克，不知清政府，整体的国家意识相对淡薄。加之伯克们往往欺下瞒上，这也成为后来回乱发生的一个原因。此外，南疆维族各级伯克的品级都很低，且任职地区仅限于南疆，不能进入中央或内地任职。
维族上层人士受封爵位进入清朝中央决策圈的例子几乎没有。在清朝统一新疆的过程中立下功劳的吐鲁番和哈密两地的维吾尔贵族，虽受清廷优待，但受封的最高爵位也不过郡王而已。吐鲁番额敏和卓因功被封为镇国公，以后又累封为固山贝子、多罗贝勒、多罗郡王，他的两个儿子被封为辅国公；哈密的伯克额贝都拉之孙额敏受封镇国公，后晋封为固山贝子，额敏之子及孙受封郡王。这些被封爵的维族上层人许多被迁往北京，处于清廷严密监控中。
2、军事方面。清朝在新疆实行军政合一的军府制。在伊犁设伊犁将军统辖天山南北的驻防，兼管全疆的行政事务；在南疆地区，于喀什噶尔设置总理南疆事务参赞大臣，管辖南疆。在军事体制上，清朝在南疆实行换防制，一般三、五年换防一次；在南疆各地分建“汉城”和“回城”，严格限制汉回两城人员往来。清朝在南疆实行军事隔离政策，其主要目的在于加强其对南疆的控制。但是这种政策也造成南疆各民族间的隔阂，对日后形成了不利影响。换防制的实行及分城而居的政策，使换防军队很难与当地维族发生联系，促进相互了解，使防务无法扎实生根。另外，清朝对南疆的战略意义重视程度不够，派往南疆的换防官兵人数少，特别是精锐的八旗兵很少，加之各支军队驻地分散，相距遥远，战时很难相互策应支援形成有效的防卫。后来张格尔、阿古柏等窜入南疆作乱并迅速发展，与清朝在南疆实行的军政隔离制度不无关系。
3、经济方面。清朝在南疆实行了特殊的经济隔离制度，主要体现在三个方面：保留南疆旧有的货币普尔钱；限制维族与其他民族的经济交往；限制汉人进入南疆经商、屯垦。清朝在南疆实行的经济隔离，虽维护了南疆经济的稳定、有利于满族人统治，但同时也阻隔了南疆与外界的经济政治和文化交流，阻隔了维族对汉族及其他民族的认知了解，更为严重的是它延缓了南疆社会发展的进程。
4、社会文化生活方面。清朝的隔离措施主要体现在：严禁回、汉通婚；严禁维族学习汉语文；不要求普通维族留发辫；汉人、维族分居于“汉城”、“回城”。社会文化领域的隔离，强化了伊斯兰教在当地维族中的影响，严重限制了他们与汉人血缘融合的机会和接受汉文化浸润的机会，使其缺乏对中华民族大家庭的认同。
与上述情况完全不同的是，清廷对蒙古人采取了迥异于维族的政策。由于生活地域相邻、文化及生活习俗相近，满族人与蒙古人在满清入关以前就结成了紧密的政治军事同盟，这种关系在满人入关及建立政权的过程中得到进一步加强。为笼络蒙古人，清朝给予他们种种优惠政策：
l、在政治方面，大量蒙古人进入清统治上层，并发挥了重要作用。清廷对蒙古封建主分别加封亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公六等爵位，且不论执政与否，其领主身份和爵位都是世袭的，并享有特权。据《清代职官年表》统计，清代京城各重要衙门任职的八旗蒙古官员，官至内阁大学士的有10人，内阁学士41人，军机大臣9人，军机章京54人，六部尚书22人，六部左右侍郎57人。此外，理藩院、都察院、翰林院等重要部门也有八旗蒙古多人次担任要职。
2、在军事方面，蒙古人大量参军，组成蒙八旗军队，与满八旗共同构成了清朝国家正规军的精锐。他们随满族八旗南征北战，共同开拓了清朝广阔的疆域。清朝确立了在全国的统治后，蒙古军队又驻扎在全国各地。清代共有16位八旗蒙古军人分别出任过湖广、两广等地总督，有22人分别出任过湖北、四川等13省巡抚，还有多人次出任布政使、按察使、学政等地方要职。
3、在社会文化方面，清朝在入关前即将满蒙通婚作为一项基本政策确定下来。据清朝皇家族谱《玉牒》记载：满蒙联姻共595人次，其中出嫁给蒙古的满族格格达432人次，娶蒙古王公之女的满族贵族163人。两族联姻时间长达300年。此外，清廷还鼓励蒙古贵族子弟学习汉文化，通过参加科举制度进入统治阶层；在各地开设学堂帮助蒙古子弟学习儒家经典古籍，许多蒙古上层王公贵族子弟还被送往北京皇宫与满族皇子共同接受宫廷教育。
满族人作为少数民族入主中原以后，继承了前明的科举制、行省制、三省六部制等各项制度，并且开办学堂培养精通汉满事务的人才。雍正、乾隆两朝时期及以后，清政府的官方语言和满族普通民众的生活习俗越来越受到汉文化的影响。至晚清，清朝官方文化已经完全汉化。满族人在向汉族学习的过程中，不仅提高了文化素质，还使满汉民族之间的差异越来越小，逐渐有了共同的文化和共同的民族心理，最终走向民族融合。蒙古人、特别是其上层，在清廷接受汉文化并使其成为主流文化的过程中，在很大程度上融进了这一进程。这是一个非常重要的历史过程。
总之，由于清朝对新疆独特的历史文化现实和特殊的地理位置缺乏足够的认识和重视，只是出于维护清朝统治，防止汉、维等被统治民族联合反抗清廷统治的考虑，在新疆实行了严厉的军政隔离制度。这造成了长期的恶果，使南疆一直未能在政治、经济、军事、社会、文化等方面与内地实现融合，使维族在清帝国一直处于一种边缘状态，不仅不利于南疆维族形成对统一的多民族国家的认同感，不利于祖国的团结与统一，而且最终还威胁到了清廷对南疆的统治，这为后来乃至当代的新疆民族关系留下了隐患。
应该看到，文化差异是分裂的基础，清朝在新疆的隔离制度是促成新疆分裂主义产生的早期深层原因之一。
作者简介
杨恕，1947年生于河北清河。曾任驻苏联大使馆教育处三等、二等秘书，兰州大学副校长；现任兰州大学中亚研究所所长，国际政治系教授，博士生导师；兼任俄罗斯东欧中亚学会副会长、全国高校国际政治研究会副会长、中国上海合作组织研究中心常务理事等职。主要从事中亚问题、新疆问题、恐怖主义及地缘政治学研究。发表论文80余篇，专（译）著7部。
