一、军府制度的建立
为维护国家的安定统一，清政府从康熙中叶开始大力经营西北。康熙二十九年（1690），拉开了对准噶尔部统一战争的序幕，历经三朝，费时六十余载，终于在乾隆二十三年（1758）取得了决定性胜利。次年，清军乘胜进军南疆，平定了大小和卓之乱。至此，清政府重新统一新疆、安定西陲的大业宣告完成。
清政府完成对新疆的重新统一，对清代西北边疆乃至中国疆域的历史进程产生了深远影响，这是清代统一多民族国家发展史上最重大的成就之一，不但最终结束了新疆地区自元末以来绵延数百年的割据状态，也使得清中央政府对这一广袤地区实行全面直接管辖成为可能。
清政府最高决策层对统一后新疆的善后经营表现出极大的关注。乾隆帝一再要求有关官员要站在“西北塞防乃国家根本”的高度，立足久远，妥善筹划，即所谓“伊犁既归版章，久安善后之图要焉，已定者讵（jù，岂）宜复失”！经过君臣反复商讨，确定治理新疆的大政方针是：政治上设官分职；军事上驻扎大军；经济上屯垦开发、以边养边。而上述方针在政治上、军事上的具体实施，就是建立军府制度。
乾隆二十七年（1762）十月，清廷正式宣布在新疆设立总统伊犁等处将军（简称伊犁将军），为清政府在新疆的最高军事、行政长官，驻节伊犁惠远城，代表中央总揽南北疆各项军政事务。
作为军政合一的全疆行政管理体制，军府制度的职能包括军务与民政两大部分。从施政内容看，涉及政治、军事、经济、财政、人事、司法、外交各个方面；从施政方式看，军事事务多由各级军政大臣直接掌管，民政事务则在军政大臣主持或监督下，交各地民政官员具体办理。其主要职能大体可分七大方面：1、统率驻军、保持武备；2、考察官吏，定其升迁；3、屯田置牧、组织生产；4、核征赋税、奏调经费；5、管理台卡、巡边守土；6、办理王公入觐事务及藩属事务；7、处理对外事务。
二、军府制度的组织管理系统
乾隆二十七年十月，明瑞被授为首任伊犁将军。伊犁将军之下，设参赞大臣、领队大臣、都统等职，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。根据形势和治理需要，各级军政长官的分设在不同时期有所变化，到乾隆末年，新疆军政大臣建置基本定型，其结构层次如下表所示。
参赞大臣一
伊犁
领队大臣一
北路 参赞大臣一
塔城
办事兼领队大臣一
英吉沙——领队大臣一
参赞大臣一 叶尔羌——办事大臣一，协办大臣一
南路——喀什噶尔 和阗——办事大臣一，领队大臣一
协办大臣一 乌什——办事大臣一
阿克苏——办事大臣一
库车——办事大臣一
喀喇沙尔——办事大臣一
吐鲁番——领队大臣一
哈密——办事大臣一
东路——乌鲁木齐——都统 镇西——领队大臣一
古城——领队大臣一
库尔喀喇乌苏——领队大臣一
新疆各级军政大臣的建置大体上遵循以下原则：一是官员配置北重南轻，军政重心在北疆；二是将全疆划分为三大地理单元，北路伊塔地区归伊犁将军直辖，南路八城和东路乌鲁木齐地区（北疆库尔喀喇乌苏以东，南疆吐鲁番、哈密以北）分别由喀什噶尔参赞大臣和乌鲁木齐都统分别综理，听伊犁将军节制；三是视地方之冲要繁难程度，分别派驻不同级别军政官员，战略要区委以都统、参赞大臣，其余各城，大者派驻办事大臣，以协办大臣辅佐，小者派驻领队大臣。
军政长官辖下的民政系统和军事驻防系统如次：
民政管理系统。清政府对新疆的地方、民族特点，因俗施治，因地制宜，分别建立起三种不同的民政管理系统。1、州县制度。主要施行于北疆各地及东疆内地移居人口较多地区。2、伯克制度。“伯克”本意为首领。伯克制为新疆维吾尔社会固有的政治制度。清朝统一天山南北后，对南疆各城和北疆伊犁维吾尔聚居区因俗而治，在沿用其制的同时加以改造，使伯克制度成为清政府在当地的一种地方官制。3、札萨克制。施行于新疆的卫拉特蒙古诸部落，是清政府在漠南、漠北蒙古各部广泛实行的一种行政管理体制。蒙古部众编旗设佐，每旗设札萨克一人总管亦即旗长，一旗或数旗合为一盟，设立盟长。札萨克可以世袭，对所辖本部事务有充分的自主权，但必须经清廷任命，并服从理藩院的各项政令。
在军事驻防方面，清政府从镇边守土目的出发，从全国各地抽调满洲、蒙古八旗及绿营进疆驻守。驻军配置于天山南北，由各处军政大臣统率而总辖于伊犁将军，形成广大有序的全疆军事驻防系统。
三、军府制度的历史功绩与局限
采用军府制管理新疆，历史上不乏先例。汉代的西域都护府，唐代的安西、北庭都护府都属于这一类。清朝在新疆建立军府制度，结合当时实际条件，吸取并发展前代的有效经验，取得了很大成功。
首先，清代新疆军府制度在组织结构上以伊犁将军和各级军政大臣直接统辖全疆民政、军事管理系统，一改以往地方行政建置中的羁縻色彩，在更高程度上达到政令的统一，有利于中央政府对这一地区的统筹治理。
其次，在管理职能上，军府制度比前代都护府承担了更为广泛全面的行政职责，大大提高了地方民政事务在职能中所占的比重，将经营治理的注意力从军事方面更多地转向政治治理和经济开发。
再次，设置大员与派驻大军相结合，提高了地方捍卫国家领土、防范外敌侵扰、稳定巩固统一局面的能力。这对于地处边徼（jiào，边塞）、多民族聚居又值统一之初、百废待举的新疆，是至关重要的。
但是，这种军政合一的管理方式毕竟不是完全意义上的地方行政管理制度，与行省州县体制相比，尚处在较低的建置层次，其历史局限性主要表现如下：
首先，管理体制层次重叠和事权多元化。清政府一方面规定，伊犁将军为全疆最高军事行政长官，总揽各项事务，同时又命陕甘总督节制乌鲁木齐以东地区，分其权责，相互牵制。军府体制内部隶属关系也十分复杂，喀什噶尔参赞大臣与乌鲁木齐都统受伊犁将军节制，分理南路、东路，主政行事有很大独立性；各城大臣统理地方而不直接理民，民政事务交州县、伯克、札萨克三种民政系统分别办理，但奏请上报之权仍握于大臣之手；将军、都统与参赞大臣、办事大臣品秩不相上下。凡此种种，造成管理上头绪纷繁，职权分工不清，遇事推诿，彼此掣肘。
其次，官员结构偏重武职，职掌重心偏在军事，治兵之官多，治民之官少。将军、都统、参赞大臣、办事大臣等重要官吏都是以武职管辖地方、过问民事。这些大员或出身禁闼（tà，禁闼指宫廷、朝廷），或来自军旅，很难适应地方施政和开发建设的需要。嘉道以后，承平既久，选官多用宗室、侍卫及左迁满员，素质日趋低下，地方政事益形弛坏。
第三，地方民政因俗施治，导致各地治理程度参差不齐。南疆各地沿用的伯克制度，虽然废除了世袭规定，但因驻扎大臣不直接理民，王公伯克实际上仍拥有极大的统治权力，他们借官府之势，巧取豪夺，破坏了南疆的社会生产力，激化了清政府与维吾尔人之间的矛盾，加剧了社会动荡。道咸以降，伯克制度已成为南疆社会发展的桎梏。
清政府治理新疆前期推行的军府制度，保证了乾隆中叶以后新疆地区长达百年的安定。但随着清政府综合国力的下降、外患内乱迭起，军府制度自身弱点日显。清廷朝野经过半个多世纪的讨论与政治、军事实践，终于走出了废除军府制度、建立行省的决定性一步。
作者简介
马大正，1938年生于上海。中国社会科学院学术咨询委员，中国边疆史地研究中心研究员，博士生导师，国家清史编纂委员会副主任。主要著作有：《马大正文集》、《边疆与民族——历史断面研考》、《中国边疆研究论稿》、《新疆史鉴》，主编《中国边疆经略史》、《中亚五国史》、《卫拉特蒙古史纲》等30余种。
