一、新疆行省体制的确立

　　军府制度治理下的新疆，虽然在嘉庆二十五年（1820）因和卓后裔张格尔入侵新疆引起震动，但由于清廷统治威力尚存，新疆社会并未发生大的动乱。道光二十五年（1845）后，南疆维吾尔族人民不堪忍受清朝官吏和维吾尔伯克的横征暴敛，反抗趋于激烈。同治三年（1864），库车各族人民终于发动了大规模武装起义，攻占库车城。农民起义的烈火迅速燃遍新疆各地。同治五年（1866），伊犁起义军攻占惠远城，将军明绪自尽，标志着清朝统治新疆军府制度的结束。然而，新疆各族人民起义的胜利果实却被各族中的封建主和反动的宗教头目篡夺，新疆形成了封建割据局面。内乱引发外患，浩罕军官阿古柏乘机入侵，沙俄也出兵强占伊犁。光绪二年（1876），督办新疆军务的钦差大臣、陕甘总督左宗棠指挥清军收复新疆。光绪七年（1881），清政府与俄国订立《中俄伊犁条约》收回伊犁。经过十多年动乱，新疆重新置于清政府统治之下。

　　然而，这时的新疆不仅军府旧制“荡然无存，万难再图规复”，而且社会经济生活也是“屋舍荡然”。光绪三年（1877），清政府谕令左宗棠统筹全局，左宗棠遂提出新疆建省主张。新疆建省之议由来已久。嘉庆年间著名学者龚自珍创议在新疆设置行省，道光年间魏源也主张新疆改设行省。学者们人微言轻，未能引起清廷的重视。时隔半个世纪，边疆大吏左宗棠五次奏议新疆建省，引起了清廷决策层的重视。后经其继任谭钟麟、刘锦棠的补充发挥，创建行省之议于光绪十年（1884）终为清政府采纳。

二、行省的管理系统

　　光绪十年十月，清政府正式任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为甘肃新疆布政使，标志着新疆省正式成立。从光绪八年到二十八年（1882-1902），新疆省地方建置日渐齐备。在新疆建省、广置郡县的过程中，善后局起了重要作用。

　　原来，清军在驱逐阿古柏匪帮时，为了恢复生产、维护地方社会秩序、保证部队粮草供应，组织了各级善后局。地方上的一切事务，都归善后局管理。新疆建省前，共有东四城善后总局兼办阿克苏善后局，西四城善后总局兼办喀什噶尔善后局，喀喇沙尔、库车、乌什、英吉沙尔，叶尔羌、和阗、吐鲁番、迪化州等八处善后局，沙雅尔、拜城、玛纳巴什等三处善后分局。这些善后局的职能与内地郡县职能几乎完全一致，成为后来建立郡县制的基础。

　　自刘锦棠之后，魏光焘、饶应祺、潘效苏相继为新疆巡抚。饶应祺在任期间，新疆建省已经18年，“边境安谧，岁事屡丰，关内汉、回携眷来新就食、承垦、佣工、经商者络绎不绝，土地开辟，户口日繁”（《新疆图志》，卷106，奏议志十六），一些地方建置已不适应新形势的需要。所以，或增设厅县，或升设府州，地方建置多有变化。到光绪二十八年，新疆全省设道四、府六、厅十一、直隶州二、州一、县二十一、分县二。

　　新疆建省后，职官设置的情况包括以下几方面：

　　巡抚衙门设巡抚一员，兼兵部侍郎、都察院右副都御史，节制提镇、城守尉，督理粮饷。光绪三十二年（1906），改为兼陆军部侍郎、都察院副都御史。笔贴式二员。提法使一员，光绪十一年（1885）以原设镇迪道加按察使衔兼管刑名驿传事务，宣统二年（1910）改为兼提法使衔。巡抚衙门内还有书吏、承差若干员，承办缮折文案等事。

　　布政使司设布政使、经历、新裕库大使各一员，掌一省行政，总司全省钱谷出纳，承宣政令，考核所属州县。

　　提学使一员设于光绪三十二年，履下有学科科长，副科长等无定员。这是清末官制改革中各省学政裁撤后新设的官职，主理学务事宜。

　　在蒙古族各部，于乌讷恩素珠克图盟旧土尔扈特南部落四旗，保存札萨克盟长卓哩克图汗一员；北部落三旗，有札萨克布延图亲王一员；东部落二旗，札萨克毕锡呼勒图郡王一员；西部落一旗，札萨克济尔噶朗贝勒一员；青色特启勒图盟新土尔扈特，中路和硕特札萨克固山贝子一员。

　　在维吾尔各部，于哈密保存札萨克亲王一员、吐鲁番札萨克多罗郡王一员、库车郡王一员、阿克苏郡王职衔贝勒一员、拜城辅国公一员、乌什贝子衔辅国公一员、和阗辅国公一员。

　　在哈萨克各部，于伊犁两部即黑宰部、阿勒班部，设台吉一员；塔尔巴哈台四部，即柯勒依部、曼毕特部、赛布拉特部、吐尔图勒部，分设台吉、千户长、百户长等员。

　　此外，伊犁将军仍然保留，成为只管伊犁、塔尔巴哈台地区军队的驻军长官。原各级驻军大臣先后裁撤。

三、创建行省的历史功绩

　　近代新疆的行政建置由军府制演变为郡县制，在历史上有着重要意义。

　　首先，有利于抵御国外侵略势力的威胁。新疆建省前，行政建置不统一；哈密、乌鲁木齐等地属驻兰州的陕甘总督管辖；伯克制、郡县制、札萨克制并存。新疆建省后，结束了这种人为地把新疆分成两部分进行管辖的不合理状况；分散、不统一的行政体制为单一的郡县制替代，军政大权统于巡抚。这一切，增强了新疆地区捍卫国家领土主权的能力。正所谓“新疆东捍长城，北蔽蒙古，南连卫藏，西倚葱岭，居神州大陆之脊，势若高屋之建瓴，得之则足以屏卫中国，巩我藩篱，不得则晋陇蒙古之地均失其险，一举足而中原为之动摇”（《新疆图志》，卷1，建置志一）。

　　其次，有利于促进社会经济的发展。新疆建省后，为了恢复残破的经济，清政府改革了新疆旧有田赋制度、屯田制度和采矿制度，允许内地民众移居新疆。在田赋制度方面，新疆建省前与内地“地丁合一”、“按亩征收”不同，是“按丁索赋”。结果，“富户丁少赋役或轻，贫户丁多赋役反重”（《左文襄公全集·奏稿》，卷53，《复陈新疆情形折》）。建省后，将内地实行的地丁合一制度推行到新疆，减轻了维吾尔族农民的赋役负担。在屯田制度方面，新疆建省前，兵屯、犯屯受累极重。建省后，对营勇汰弱留强，裁减兵勇“就各兵驻防之后，如有荒地可拨，为之酌数分给，即同己业”（《刘襄勤公奏稿》卷7，《遵旨统筹新疆情形以规久远折》）。对于犯屯，也“仿照民屯，优给牛籽房具田粮”（同上书卷12，《新疆助垦人犯筹款安插情形折》），调动了屯垦生产的积极性。在矿业制度方面，新疆建省前，挖金采铜筹币采取摊派方式，农民被迫入山采矿冶炼。建省后，改为“听民开采，纳课归官”（同上），在一定程度上调动了农民的积极性。此外，新疆建省后，社会经济亟待恢复，需要大批劳动力，清政府取消了以往的禁令，允许内地农民迁赴新疆耕作。结果，直隶、山东等省的“逃难百姓”来到新疆，加快了新疆的经济开发。新疆建省时，乌鲁木齐“城中疮痍满目，无百金之贾，千贯之肆”。建省后，商路渐通，各路商人“连袂接轸（zhěn，指车），四方之物，并至而会”（《新疆图志》卷29，实业志二），乌鲁木齐很快繁荣起来。

　　第三，郡县制代替伯克制，一定程度上解放了社会生产力。郡县制产生于我国春秋时代，秦朝以后，成为我国历代相沿的地方制度。在这一制度下，郡县各级官吏为封建朝廷简放、调遣或罢黜，有利于中央集权的统治，在中国统一多民族国家发展巩固过程中占有重要地位。此外，郡县制和封建的租佃制相联系，是一种比较进步的封建政治制度。而伯克制不仅是一种职官制度，还是封建农奴制度，各级伯克就是大小不等的封建领主。伯克们占有“燕齐”，即农奴。农奴在作为伯克俸禄的“养廉田”里耕作。伯克们任意霸占自耕农的土地，迫使更多的自耕农为逃避清政府的赋役而沦为“燕齐”。光绪十二年（1887），清政府决定将所有伯克名目全行裁汰。从此，伯克制退出了历史舞台。原来被束缚在这些土地上的“燕齐”，开始以佃农的身份租种政府的土地，按例纳赋，从而使实物地租代替了劳役地租，租佃制取代了赋役制，解放了社会生产力，在一定程度上调动了维吾尔农民的积极性，促进了维吾尔地区社会经济的发展。